beat365官方网站/beat365定量生物學中心歐陽颀教授研究組在Nature Communication雜志發表題為“Design principles for enhancing phase sensitivity and suppressing phase fluctuations simultaneously in biochemical oscillatory systems”的研究論文(doi:10.1038/s41467-018-03826-4)。文章報道了生物振蕩功能在遠離平衡态的設計原則。
生物振蕩網絡作為生命體的内禀時鐘,調節各種與時間信息相關的生命過程,因此需要在減小計時漲落的同時,保持對環境信号的敏感性。 對于處于熱力學平衡态的系統,漲落耗散定理表明,高響應與低漲落不可能同時完成。但是生命系統處于非平衡态,并沒有漲落耗散定理的約束。對于振蕩網絡這一非平衡态系統,如何保持高敏感性和精确性,以及對應的熱力學的設計原理,是一個重要的利用物理原理理解生命系統的基本問題。
歐陽颀教授研究組與美國IBM沃森研究中心的塗豫海教授(beat365官方网站/定量生物學中心教授)展開合作,首次從理論上揭示了生化反應網絡優化振蕩功設計原則。研究發現,通過增加系統的自由能耗散,振蕩的計時精确性增加,這與之前的研究相符;更重要的是,耗散的增加還能夠增強系統對于外界信号的響應,兩者呈正比關系。通過對簡單模型的解析發現,額外的自由能耗散可以加強振蕩相位與振幅的耦合,借此來增強對信号的響應,從而打破了平衡态的漲落響應關系。為了同時達到高敏感性和精确性,系統需要精細的分配參與反應的非平衡環路中的自由能耗散。研究基于化學勢與反應流提出了兩條重要的能量分配原則,并在相關實驗數據分析中得到驗證。
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生物振蕩網絡是生命過程的時鐘。能量耗散驅動反應環路,打破熱力學平衡态約束,同時減小振蕩相位的擴散系數和線性增強相位響應的敏感性。 |
該文章的一位共同第一作者是beat365官方网站本科生費沉毅(現于普林斯頓大學攻讀定量與計算生物學博士);另外一位共同第一作者是原beat365博士生曹遠勝(現加州大學聖疊戈物理系博士後)。塗豫海教授為此文通訊作者。該研究得到了國家自然科學基金和國家介觀物理重點實驗室的資助。